基本解释
1996年启动，是国家“九五”科技攻关重点项目。该工程将自然科学、社会科学和人文科学的研究手段和研究成果相结合，设置9个课题44个专题，组织来自历史学、考古学、文献学、古文字学、历史地理学、天文学和测年技术学等领域的170名科学家进行联合攻关，旨在研究和排定中国夏商周时期的确切年代，——为研究中国五千年文明史创造条件。夏商周断代工程是一个以自然科学与人文社会科学相结合的方法来研究中国历史上夏、商、周三个历史时期的年代学的科学研究项目，是一个多学科交叉联合攻关的系统工程。该工程是中华人民共和国“九五计划”中的一项国家重点科技攻关项目。该工程正式启动于1996年5月16日，2000年9月15日通过中华人民共和国验收。
详细解释
背景
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中华文明具有悠久的历史，然而真正有文献记载年代的“信史”却开始于西周共和元年(前841年，见于《史记·十二诸侯年表》)，此前的历史年代都是模糊不清的。司马迁在《史记》里说过，他看过有关黄帝以来的许多文献，虽然其中也有年代记载，但这些年代比较模糊且又不一致，所以他便弃而不用，在《史记·三代世表》中仅记录了夏商周各王的世系而无具体在位年代。因此共和元年以前的中国历史一直没有一个公认的年表。
第一个对共和元年以前中国历史的年代学作系统研究工作的学者是西汉晚期的刘歆。刘歆的推算和研究结果体现在他撰写的《世经》中，《世经》的主要内容后被收录于《汉书·律历志》。从刘歆以后一直到清代中叶，又有许多学者对共和元年以前中国历史的年代进行了推算和研究。这些工作都有一定的局限性，因为他们推算所用的文献基本上不超过司马迁所见到的文献，所以很难有所突破。晚清以后情况有些变化，学者开始根据青铜器的铭文作年代学研究，这就扩大了资料的来源。1899年甲骨文的发现又为年代学研究提供了新的材料来源。进入20世纪后，中国考古学的发展又为研究夏商周年代学积累了大量的材料。
立项过程
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1995年秋，国家科委(今科技部)主任宋健邀请在北京的部分学者召开了一个座谈会，会上宋健提出并与大家讨论建立夏商周断代工程这一设想。
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1995年底国务院召开会议，成立了夏商周断代工程的领导小组，领导小组由国家科委、自然科学基金会、科学院、社科院、国家教委(今教育部)、国家文物局、中国科协共七个单位的领导组成，会议聘请了历史学家李学勤、碳-14专家仇士华、考古学家李伯谦、天文学家席泽宗作为工程的首席科学家。
1996年春，夏商周断代工程组织了一个由不同学科的21位专家形成的专家组，并拟定了夏商周断代工程可行性论证报告。可行性论证报告在1996年5月得到了通过。
1996年5月16日国务院召开了会议正式宣布夏商周断代工程开始启动。这一科研项目，涉及历史学、考古学、天文学、科技测年等学科，共分9个课题，44个专题，直接参与的专家学者达200人。
工程目标
1.西周共和元年(公元前841年)以前各王，提出比较准确的年代。
2.商代后期武丁以下各王，提出比较准确的年代。
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3.商代前期，提出比较详细的年代框架。
4.夏代，提出基本的年代框架。
研究课题
1.有关夏商周年代、天象、都城文献的整理及可信性研究;
2.夏商周天文年代学综合性问题研究;
3.夏代年代学研究;
4.商代前期年代学研究;
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5.商代后期年代学研究;
6.武王伐纣年代的研究;
7.西周列王的年代学研究;
8.碳14测年技术的改进与研究;
9.夏商周年代研究的综合与总结。
研究方法
夏商周断代工程对传世的古代文献和出土的甲骨文、金文等材料进行了搜集、整理、鉴定和研究;对其中有关的天文现象和历法记录通过现代天文学给予计算从而推定其年代;同时对有典型意义的考古遗址和墓葬材料进行了整理和分期研究，并进行了必要的发掘，获取样品后进行碳-14测年。
结论与意义
2000年11月9日夏商周断代工程正式公布了《夏商周年表》。《夏商周年表》定夏朝约开始于前2070年，夏商分界大约在公元前1600年，盘庚迁都约在公元前1300年，商周分界(武王伐纣之年)定为前1046年。依据武王伐纣之年和懿王的元年的确立，建立了商王武丁以来的年表和西周诸王年表。
如果该工程顺利的话，那么将有可能为研究中国古代文明的起源和发展给出了一个时间上的标尺，但目前看来，由于该工程的最终繁本报告迟迟未能通过，这个意义能否达到存在较大疑点。
批评与质疑
自从夏商周断代工程正式公布《夏商周断代工程一九九六—二OOO年阶段成果报告(简本)》和《夏商周年表》以后，其中结论已被不少主流的词典和教材采用，开始产生影响。
在中国提出了自己的标准后，国外学者开始加以批评。而夏商周断代工程才刚刚开始，中国的考古技术和理论水平还有待更大的提高。从夏商周断代工程正式公布《夏商周年表》以后，来自中国国内和国际的批评不绝于耳。某些国外人士认为夏商周断代工程有“政治背景”，是中国政府在搞民族主义，有一些学者还对该工程的“学术道德”产生怀疑。在2000～2003年进行了三次辩论。斯坦福大学退休教授倪德卫在《纽约时报》上撰文，便断言“国际学术界将把工程报告撕成碎片”。但亦有人认为所谓的“国际学术界”一贯漠视中国本土研究成果，对中国历史没有发言权。
中国政府并没有对这些问题进行封锁，网络上随处可以见到关于此问题的介绍与讨论，中国政府也为此展开大规模论争，提出支持自己观点的各种理据，支持工程学者深入研究。有些国外学者不承认中国政府的努力，认为只要是中国政府支持的此类研究一定就有政治目的。有人就说，这些学者连最近发表的文字都说不清楚，他怎么可能对三代的年代行判别。而大陆不同意工程报告的学者也被这些国外学者加上“正义凛然”的标签，说成是“无力对抗政府”。
工程的成果是否失败，现在还没有强有力的论据证明。工程中有些成果也被国际学术界认可，例如张培瑜的研究，但工程内部却是存在争论。有些中国学者认为，此类工程的成果没有必要非得通过世界上各种具有“复杂背景”的学者的检验，只要在中国学术界取得共识就行，中国学者对历史的研究无需外人指三道四，也不能被有各种目的的势力阻挠。
工程的价值
首先，夏商周断代工程给出了夏商周的一个大致年表对于今后的学术研究起到了推动作用，作为阶段性成果本来就不是最终结论，通过讨论有益于学术进步。其次，大量资金和技术的投入使得中国考古学特别是在技术层面得到了很大的发展，多学科的共同研究有利于考古学这个交叉学科的发展。第三，人文社会学科学者作为国家级工程的首席科学家在中国是第一次，其本身就有重要的意义。最后，高规格的工程以及广泛的学术讨论，特别是大幅的宣传力度，对于普及历史、考古等知识也有不可估量的意义。
关于周懿王元年天再旦的质疑
在“东亚历史”[1]期刊(East Asian History)上，Douglas J. Keenan发表文章质疑周懿王元年天再旦是西元前899年[2]。文章中对于工程研究方法中的错误提出了具体质疑。文中提到：
……一些最近的研究计划，包括被中国国务院接受的研究计划(指夏商周断代工程)，依据的是一个在西元前一千纪早期的“天再旦”的记载。这些研究把这个奇特的记载解读成日出时的日偏食。这样的解读看起来似乎合理(黎明要开始之际，天色因为日食而暗下来，然后再日出)，但却是不确定的。日出时把太阳表面遮住的部份大到可以让天色大幅变暗的日食是很少的。在西元前899年4月21日的确是有一次日出时日食，而这些研究计划把这个日食对应到该奇特的记载(指周懿王元年天再旦)。
计算显示，西元前899年的那次日食把主观亮度(人类观察者所感受到的亮度)减低的程度小于25%。为了证明这样的亮度减少可以给观察者有“确定的天再旦”的感觉，一些研究者对观察了1997年日出时日偏食的观察者进行了调查。然而，所有的观察者所在的位置要不就是位于亮度减低不到10%的地方(这些地方的观察者没有“天再旦”的感觉)，要不就是位于亮度减低超过80%的地方(这些地方有(指天再旦的感觉))。从这些数据，研究者作出结论，“主观亮度减少超过10%会造成“确定的天再旦”的感觉”。这个结论根本毫无根据。实际上，飘过的云常常可以造成主观亮度减少25%……
另外，该文也质疑了对于该次日食的计算的正确性。
另外，有人依据《日食路线图》作了调查，发现在前899年4月21日早晨的日食，日食带西端在山东省，陕西省是根本就不可能看到天再旦的。而在前871年10月6日早晨，在郑地可看到天再旦的天文景像。
蒋祖棣对工程方法论的批评
2003年4月12日，在芝加哥就断代工程进行了一次学术会议，斯坦福大学宗教文化中心的兼职研究员蒋祖棣向会议提交了一篇题为《西周年代研究之疑问——对夏商周断代工程方法论的批评》的文章，讨论“工程”对“武王克商”年代的研究。蒋祖棣注意到“工程”使用的是OxCal系列样品程序，他介绍说，OxCal程序系列样品计算法，只有68.2%的置信度，“工程”以这样低的置信度作为衡量西周具体王年的标尺很不科学。